Духов монастырь впервые упоминается в летописи в 1162 году, как уже существующий. До середины XIV века все его постройки были деревянными. В 1357 году был построен каменный храм Святого Духа, остальные сооружения до середины XVI века продолжали оставаться деревянными. Сведений о существовании в монастыре трапезной, ранее середины XVI века не обнаружено.
В 20-х гг. XVI века архиепископом Макарием в новгородских монастырях был введен общежительный устав. В связи с этим, во многих монастырях строятся трапезные.
Каменная трапезная с церквью Троицы в Духове монастыре построена в 1557 году, по заказу игумена Ионы.
Первоначально церковь Троицы имела, вероятно, придел Николая Чудотворца, который упоминается в описи 1591 года; в описях 1582 и 1686 гг. этот придел ошибочно назван самостоятельной церковью. Когда он упразднен - неизвестно.В трапезной на первом этаже сначала располагались поварня, хлебня и два квасных погреба; на втором этаже - трапезная и келарская.
Памятник серьезно пострадал в годы шведской оккупации (1611-1617 гг.), а также от пожара 1685 года.
В 1812 году на верхнем этаже трапезной был устроен придел Тихвинской иконы Божьей Матери. В 1821 году в северо-восточной части верхнего этажа трапезной устроена ризница.
Архиепископ Макарий, описывая церковь Троицы в 1860 году, указывает, что к трапезной с западной стороны примыкает каменный двухэтажный старинный корпус (сестринский).
В XIX веке (точная дата неизвестна) трапезная и церковь подверглись частичной перестройке: центральный столб и своды верхнего этажа трапезной разобраны, над трапезным залом устроено плоское покрытие, заложены или растесаны некоторые оконные проемы, первоначальное завершение церкви переделано на четырехскатное. Вероятно, работы велись в 20-х гг. XIX века, так как известно, что в 1822 году Александр I пожертвовал 10 тыс. руб. на ремонт монастырских церквей.
Духов монастырь считался одним из четырех крупных новгородских монастырей (после Юрьева, Антониева, Хутынского, позднее, Вяжищского монастырей).
С 2013г. ООО "Новгородрегионэкопроект" приводит в порядок здание бывшего казначейского корпуса, в котором мы сейчас располагаемся и осуществляем свою природоохранную деятельность.
